Organ rukovođenja je Direktor Zavoda.
Aktuelni Direktor Zavoda je mr.sci.dr Vanesa Dujso – Radaslić, specijalista ginekologije i akušerstva, imenovana od strane Upravnog odbora Zavoda, na sjednici održanoj 21.05.2024. godine, na mandat od 4 godine.
Organ upravljanja je Upravni odbor Zavoda.
Vlada Kantona Sarajevo, na 25. sjednici održanoj 23.05.2024. godinela Rješenje broj 02-04-29617-54.2/24 o imenovanju predsjednika i članova Upravnog odbora Javne ustanove Zavod za zdravstvenu zaštitu žena i materinstva Kantona Sarajevo
- Viteškić Azra, predsjednica
- Hadžihasanović Besima, članica
- Šehović Fatima, članica
- Karavdić Amra, članica
- Kulenović Kokorović Nermina, članica