Organ rukovođenja je Direktor Zavoda.
Aktuelni Direktor Zavoda je Mr.med.sci.dr.Enis Hasanović, specijalista ginekologije i akušerstva, imenovan od strane Upravnog odbora Zavoda, na sjednici održanoj 05.08.2020. godine, na mandat od 4 godine.
Organ upravljanja je Upravni odbor Zavoda.
Vlada Kantona Sarajevo je 22.07.2021. godine donjela Rješenje broj 02-04-28696-16.2/21 o imenovanju v.d. predsjednika i v.d. članova Upravnog odbora Javne ustanove Zavod za zdravstvenu zaštitu žena i materinstva Kantona Sarajevo
- Besima Hadžihasanović, predsjednica,
- Ines Pirić-Novaković, članica
- Aida Šabanović-Džaferović, članica
- Vesna Bralo-Hadžikadunić, članica
- Vanesa Dujso-Radaslić, članica
Aktuelni sastavNadzornog odbora imenovanog od strane Vlade Kantona Sarajevo rješenje broj: 02-05-39619-35.6/19 od 14.11.2019. godine, a na period od četiri godine
- Nadir Kovačević – predsjednik NO
- Eldin Dautović , član
- Sadiha Dervišević, član