Organ rukovođenja je Direktor Zavoda.
Aktuelni Direktor Zavoda je Mr.med.sci.dr.Enis Hasanović, specijalista ginekologije i akušerstva, imenovan od strane Upravnog odbora Zavoda, na sjednici održanoj 05.08.2020. godine, na mandat od 4 godine.

Organ upravljanja je Upravni odbor Zavoda.

Vlada Kantona Sarajevo je 22.07.2021. godine donjela Rješenje broj 02-04-28696-16.2/21 o imenovanju v.d. predsjednika i v.d. članova Upravnog odbora Javne ustanove Zavod za zdravstvenu zaštitu žena i materinstva Kantona Sarajevo

  • Besima Hadžihasanović, v.d. predsjednica,
  • Ines Pirić-Novaković, v.d. članica
  • Aida Šabanović-Džaferović, v.d. članica
  • Vesna Bralo-Hadžikadunić, v.d. članica
  • Vanesa Dujso-Radaslić, v.d. članica

Aktuelni sastavNadzornog  odbora  imenovanog od strane Vlade Kantona Sarajevo rješenje broj: 02-05-39619-35.6/19 od 14.11.2019. godine, a na period  od četiri godine

  • Nadir Kovačević – predsjednik NO
  • Eldin Dautović , član
  • Sadiha Dervišević, član