Organ rukovođenja je Direktor Zavoda.
Aktuelni VD Direktor Zavoda je mr.sci.dr Vanesa Dujso – Radaslić, specijalista ginekologije i akušerstva, imenovana od strane Upravnog odbora Zavoda, na sjednici održanoj 27.11.2023. godine, na mandat do 6 mjeseci.
Organ upravljanja je Upravni odbor Zavoda.
Vlada Kantona Sarajevo je 02.12.2021. godine donjela Rješenje broj 02-04-43454-22.2/21 o imenovanju predsjednika i članova Upravnog odbora Javne ustanove Zavod za zdravstvenu zaštitu žena i materinstva Kantona Sarajevo
- Besima Hadžihasanović, predsjednica,
- Ines Pirić-Novaković, članica
- Aida Šabanović-Džaferović, članica
- Vesna Bralo-Hadžikadunić, članica
Aktuelni sastavNadzornog odbora imenovanog od strane Vlade Kantona Sarajevo rješenje broj: 02-05-39619-35.6/19 od 14.11.2019. godine, a na period od četiri godine
- Nadir Kovačević – predsjednik NO
- Eldin Dautović , član
- Sadiha Dervišević, član