Organ rukovođenja je Direktor Zavoda.
Aktuelni V.D. Direktora Zavoda je Mr.med.sci.dr.Enis Hasanović, specijalista ginekologije i akušerstva, imenovan od strane Upravnog odbora Zavoda, na sjednici održanoj 18.03.2020. godine, na period od šest (6) mjeseci, odnosno do okončanja konkursne procedure za izbor i imenovanje direktora.

Organ upravljanja je Upravni odbor Zavoda.
Aktuelni sastav Upravnog odbora  imenovanog od strane Vlade Kantona Sarajevo rješenje broj: 02-05-39619-34.2/19 od 14.11.2019.godine, a na period  od četiri godine

  • Nada Novičić – v.d. predsjednik UO, imenovana 30.03.2020.godine
  • Arina Bejdić Kršo, član
  • Smail Salkić, član
  • Akir Šišić, član
  • Mersiha Bašić Muharemović, član

Aktuelni sastavNadzornog  odbora  imenovanog od strane Vlade Kantona Sarajevo rješenje broj: 02-05-39619-35.6/19 od 14.11.2019. godine, a na period  od četiri godine

  • Nadir Kovačević – predsjednik NO
  • Eldin Dautović , član
  • Sadiha Dervišević, član